*** Trama ***

Ryotaro Nogami è molto sfortunato. Un giorno, trova uno strano pass e le cose peggiorano quando incontra una misteriosa ragazza su di un treno magico che viaggia attraverso il Tempo, il DenLiner, e viene posseduto da un'entità chiamata Imagin, venuta da un futuro alternativo per cambiare il passato.

Nonostante sia molto confuso dalle circostanze, Ryotaro, assieme all'Imagin attaccabrighe che ha chiamato Momotaros, diventa Kamen Rider Den-O e viaggerà attraverso il tempo per sconfiggere gli Imagin che vogliono modificare il passato. Durante la sua avventura, Ryotaro incontrerà altri Imagin che come Momotaros lo aiuteranno.

Più in là, poi, incontrerà il misterioso Yuuto Sakurai e il suo logorroico Imagin Deneb. Yuuto non solo è Kamen Rider Zeronos, pilota dello ZeroLiner, il treno che protegge il Tempo, ma anche la versione giovane del fidanzato della sorella di Ryotaro, Airi, dato per scomparso in circostanze misteriose un anno prima.
Oltre agli Imagin malvagi, Ryotaro e Yuuto dovranno vedersela con Kai, un misterioso quanto malvagio ragazzo che vuole a tutti i costi diventare il padrone del Tempo Futuro...